Aplikace léků v těhotenství,a zvláště v prvním trimestru,přináší s sebou určitá rizika. Situace bývá zkomplikována někdy i tím, že zpočátku žena o svém těhotenství nemusí ani vědět. Toto se týká i analogů prostaglandinu, mezi které Xalatan patří. Je vhodné lék po dobu těhotenství a kojení vysadit a řešit léčbu individuálně jinak, poku to lze. Pravděpodobnost poškození zdraví plodu je však velmi malá.